役に立たない情報

_ [SQUID] blastってなんやねん

久しぶりに更新したと思ったらみんな大好きncbi blastの話だよ！ ncbi blastってバイオインフォ界隈では超有名な相同性検索ソフトウェアスイートなんだ．とりあえずDNA配列とかアミノ酸配列が判明したらデータベースと突き合わせたいじゃん？ タンパク質構造予測で名を馳せているAlphaHold2もまずは同様のアルゴリズムで候補を絞るんだ．

んで決して遅くはない（むしろ高速）んだけど，より速いに越したことはないblastをSQUIDでビルドして動かしてみようぜって話なんだ．とりあえずSQUIDのアカウントとかは持っている前提で話を進めるよ！ちなみにSQUIDのOSはRHEL8.6互換だと思ってもらえればいい．

まず準備としてSQLiteのソースファイルがいるので，それのdev版をyumとかrpmで入れられたらいいんだけど，共用計算機は自前で必要なものは揃える必要がある．だからSQLiteのビルドからだよ！

_ [SQLite] SQLiteをソースからビルド

とりあえずSQUIDの場合，ワークディレクトリに実行ファイル，ライブラリファイルをおいておいた方が速いので，ワークディレクトリで作業してね！

% wget https://www.sqlite.org/2023/sqlite-autoconf-3440200.tar.gz
% tar zxvf sqlite-autoconf-3440200.tar.gz
% cd sqlite-autoconf-3440200
% ./configure
% make

_ [blast] ncbi blastをソースからビルド

ncbi blastのLATESTはURLがコロコロ変わるからみんなも気をつけてね！2024年現在では以下のURLだったよ．

https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

%  wget https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.15.0+-src.tar.gz
% tar ncbi-blast-2.15.0+-src.tar.gz
% cd ncbi-blast-2.15.0+-src/c++
% ./configure --without-debug --with-mt --without-sybase --without-fastcgi --without-sssdb --without-sss --without-geo --without-sp --without-orbacus --without-boost --with-sqlite3=/sqfs/work/Gxxxxx/vxxxxx/sqlite-autoconf-3440200 --includedir=/sqfs/work/Gxxxxx/vxxxxx/sqlite-autoconf-3440200
% make

GxxxxxやvxxxxxはSQUIDアカウントのグループ名とアカウント名だよ．SQLiteを指定する必要があるから，この指定は大事だよ！ じゃあね！